在東京某個(gè)位于西國(guó)立市的神社內(nèi)，有三名可疑的男子正在密談。突然有個(gè)戴著假面具的黑影男人出現(xiàn)，他用日本刀和弓箭在瞬間將三人殺害。與此同時(shí)，在大阪、京都也相繼發(fā)生了殺人事件。警方在經(jīng)過(guò)調(diào)查后發(fā)現(xiàn)，被殺害的五人都是出沒(méi)于東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術(shù)品的竊盜集團(tuán)“源氏螢”的成員。這個(gè)集團(tuán)以日本歷史上最有名的悲劇武將——源義經(jīng)的故事《義經(jīng)記》為名，首腦化名“義經(jīng)”，部下則以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。另一方面，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來(lái)到了京都。八年前，位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊國(guó)寶級(jí)佛像遭到偷竊，寺院的住持為了解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點(diǎn)的謎樣的畫像，因而請(qǐng)來(lái)了小五郎幫忙，小五郎一行人展開(kāi)了調(diào)查。