櫻田純是一名不愿上學(xué)而長期不出家門的中學(xué)生，熱衷于上網(wǎng)購物，喜歡在購買物品后的退貨限期內(nèi)退回物品。有一天收到一封自稱是人工精靈荷里耶的來信，上面只寫著“上發(fā)條”、“不上發(fā)條”的選項，在好奇心的驅(qū)使下選擇了“上發(fā)條”，之后房間就出現(xiàn)了一個沒有署名的神秘皮箱，里面裝著一個美麗而且質(zhì)感近似真人的人偶少女。當(dāng)純使用木箱內(nèi)的發(fā)條轉(zhuǎn)動背部的開關(guān)后，人偶有生命般地活動起來，對純說：“我是真紅，薔薇少女第五人偶。”正在這時，突然了出現(xiàn)被神秘人操控的小丑布偶，在生命受到威脅的緊急情況下，純雖萬般無奈還完全搞不清楚發(fā)生了什么事，卻只能稀里糊涂地成為了真紅的媒介，結(jié)成主仆關(guān)系。之后，一個個結(jié)下類似契約的人類和人偶出現(xiàn)在純和真紅面前，稱為“薔薇少女(Rozen Maiden)” 的人偶們的戰(zhàn)斗就此展開了……